Ubezpieczenie w KRUS jest o wiele korzystniejsze niż ubezpieczenie w ZUS. Korzyści płyną z wysokości składek, dodatkowo składki w KRUS płaci się kwartalnie a składki w ZUS miesięcznie.

W 2004 r. część rolników została pozbawiona prawa do ubezpieczenia w KRUS, jeżeli prowadzili działalność opodatkowaną na zasadach ogólnych lub podatkiem liniowym 19%. Trybunał Konstytucyjny uznał jednak, że ubezpieczenie w KRUS nie może być uzależnione od formy opodatkowania (wyrok z 13 kwietnia 2006r., sygn. P 8/05). Wielu rolników mogło powrócić do ubezpieczenia w KRUS.

Ustawa o PIT stanowi, że odliczeniu od dochodu podlegają składki opłacane na podstawie ustawy „o systemie ubezpieczeń społecznych". Składki KRUS są natomiast opłacane na podstawie ustawy „o ubezpieczeniu społecznym rolników". Nie są to więc te same przepisy, dlatego rolnicy nie mogą odliczyć składek KRUS od dochodu

Składki w KRUS nie mogą też zostać zaliczone do kosztów uzyskania przychodów pozarolniczej działalności gospodarczej, są bowiem kosztem działalności rolniczej, które nie podlegają ustawie o podatku PIT. Wyjątek w tej kwestii stanowią działy specjalne produkcji rolnej. Jeżeli wiążą się z nimi składki KRUS, to mogą one stanowić koszty uzyskania przychodów z tej działalności.

W 2009 r. zezwolono na zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów opłaconych składek na ubezpieczenie KRUS w części przypadającej z tytułu prowadzenia pozarolniczej działalności gospodarczej, gdyż w związku z rozpoczęciem pozarolniczej działalności gospodarczej rolnik jest zobowiązany opłacać składki do Kasy Rolniczego Ubezpieczenia Społecznego w podwójnej wysokości - ,,raz z powodu tego, że jest rolnikiem, a dwa, że ma działalność gospodarczą".

W przypadku spółki cywilnej, której wspólnikami są rolnicy (czy też rolnik), dodatkowa składka na ubezpieczenie rolników prowadzących działalność gospodarczą płacona do KRUS nie stanowi koszt uzyskania przychodów spółki cywilnej. Będzie stanowiła koszt uzyskania przychodu jedynie po stronie Wnioskodawcy, opłacającego tę składkę, tylko u danego wspólnika - rolnika (Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie, 16 lutego 2009 r., IPPB1/415-1286/08-5/ES).

Dodatkowa część składki, jako pozostająca w związku przyczynowo-skutkowym z działalnością gospodarczą, może stanowić koszt uzyskania przychodu z tego źródła od momentu jej płacenia, tj. przyporządkowując koszt danego roku do przychodu danego roku. Nie liczy się zatem, za jaki rok płacimy, ale w którym roku.

Niezależnie, czy przedsiębiorca jest ubezpieczony w KRUS, czy w ZUS, składkę zdrowotną płaci się na podstawie przepisów ustawy „o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych" i można ją odliczać od podatku dochodowego. Dotyczy to również rolników opłacających podatek w formie karty podatkowej. Odliczenie nie może przekroczyć 7,75% podstawy wymiaru składki zdrowotnej.